在旅行的列车上，美雪（铃木杏 饰）再次邂逅了金田一（松本润 饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相…… 　　本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事

　　原班人马在第二年的续作，日本人气漫画《金田一少年事件簿》真人版。

改编天树征丸连载30年的漫画作品，由道枝骏佑出演天才高中生探侦的名义金田一一，描述在因缘巧合转学到许久不见的青梅竹马七瀬美雪所就读的高中，开始和警方合作解开悬案的故事。由上白石萌歌出演金田一一（道